Stejně jako v případě Šolínova mlýna, Schindlerova mlýna a Svobodovy pily, i Bayerův mlýn byl zbudován na vodním náhonu z šestnáctého století zvaném Panská příkopa – dnešním Hodoňovicko-sviadnovském náhonu.
Mlýn patřil v minulosti k majetku posledního kunčičského fojta Jiřího Pavla Pittla, který bydlel v domku č. p. 18 navazujícím na budovu mlýna. Ten v roce 1973 provoz přenechal své dceři Františce a jejímu manželovi Teodoru Schmidtovi. Dalšími majiteli byli Josef Gřunděl v letech 1890–1895 a Jindřich Göttlicher v letech 1895–1900. Majitelé se střídali i nadále, roku 1920 přešel mlýn do vlastnictví místeckého mlynáře Josefa Škarudy. Ten byl ke konci devatenáctého století rovněž majitelem Schindlerova mlýna v Kunčičkách. Dalším majitelem byl mlynář Eustach Klapuch s manželkou Marií rozenou Švrčkovou. V roce 1931 byl mlýn zasažen požárem a z větší části vyhořel. V průběhu roku 1932 se snažil o obnovu provozu mlynář Josef Fuciman z Bašky, avšak jeho úsilí nepřineslo očekávaný výsledek.
Změnu k lepšímu přinesl až rok 1933, ve kterém mlýn koupil Josef Bayer s ženou Marií rozenou Wagnerovou. Provedl rozsáhlou přestavbu a již od počátku svého podnikání dokázal obstát v konkurenci řady okolních zavedených mlýnů. Obdivuhodný byl jeho postoj v období druhé světové války, kdy nezištně pomáhal strádajícím spoluobčanům. Josef patřil k lidem, kteří jsou si vědomi, že jen poctivá práce může přinést užitek všem.
Při osvobozovacích bojích dne 2. 5. 1945 byl mlýn velmi poničen, ale úsilím Josefa Bayera došlo k jeho znovuzrození. V roce 1946 byla uvedena do provozu Francisova turbína na výrobu elektřiny. Roku 1951 byl mlýn převeden pod národní správu a k jeho definitivnímu vyvlastnění došlo r. 1958, kdy se majitelem staly Slezské mlýny. Na dlouhou dobu naposled se ve mlýně mlelo obilí v roce 1965, poslední šrotování se uskutečnilo v roce 1976. V dalších letech mlýn pozvolna chátral.
Dalším významným mezníkem byl rok 1989, kdy byl mlýn v restituci vrácen Bayerově rodině. Na jaře roku 1993 mlýn opět ožil a mlynářství Josefa a Jaroslavy Bayerových se stalo opět vyhledávaným. S pomocí syna Richarda dokázali téměř nemožné – přivést k životu to, co jejich předkové svou poctivou prací zbudovali.
Ekonomické podmínky, které umožňovaly provoz malých mlýnů, se ale bohužel postupně zhoršovaly, a tak se k 31. 12. 2012 „mlýnské kolo“ po téměř deseti letech opět zastavilo.
